Diese hat jedoch keinen Erfolg, am Ende trennt sich Callie von Arizona. Bei dem routinemäßigen Ultraschall von Aprils Baby wird festgestellt, dass dieses an einer sehr schweren Form der Glasknochenkrankheit leidet und nach der Geburt nicht lange überleben wird. Ihr Junge, dem sie den Namen Samuel geben, stirbt schließlich wenige Stunden nach der Geburt. Nach Dereks Tod entschließt sich April, zusammen mit Owen zu einem Einsatz in Kriegsgebiet zu gehen, wo sie länger als geplant bleibt. Jackson ist damit nicht einverstanden, begreift jedoch nach einer Unterhaltung mit Arizona, dass dieser Schritt für April nach dem Tod ihres Kindes wichtig war. Nachdem sie erneut zu einem Einsatz gehen will, stellt Jackson ihr ein Ultimatum, da er sie bei sich braucht, um seine Trauer angemessen verarbeiten zu können. Richard und Catherine versöhnen sich und setzen ihre Beziehung fort.
Nachdem Catherine Richards Antrag zunächst ablehnt, macht sie ihm später, nachdem Maggie ihr die Augen öffnet, selber einen Heiratsantrag, welchen Richard annimmt. Postens und einer Intervention von Meredith können sie ihre Streitereien begraben und schließlich heiraten. Richard verspricht Bailey die Stelle als Chefärztin der Chirurgie, einigt sich jedoch später mit Catherine darauf, dass diese einen weiteren Kandidaten für den Posten ins Rennen schicken darf. Meredith zieht gemeinsam mit Maggie und Amelia zurück in das Haus ihrer Mutter. Sie lernt den Militärarzt Dr. William Thorpe kennen, mit dem sie kurzzeitig ausgeht. Sie macht mit ihm Schluss als sie erkennt, dass sie noch nicht bereit ist für eine neue Beziehung.
Schließlich schläft sie mit Dr. Es stellt sich heraus, dass Callies neue Freundin Penny zu den Ärzten gehört, die Derek nach seinem Unfall behandelten und nicht retten konnten. Penny fängt außerdem an, am Grey Sloan Memorial als Assistenzärztin zu arbeiten. Stipendium zugesprochen, für das sie nach New York gehen will. Callie entschließt sich, sie zu begleiten und Sofia mitzunehmen. Arizona fühlt sich von dieser Entscheidung übergangen und möchte nicht, dass Callie Sofia mitnimmt.
Sie engagiert deswegen eine Anwältin und beantragt das alleinige Sorgerecht. Da sich Callie und Arizona nicht außergerichtlich einigen können, kommt es zu einem Prozess, in Folge dessen Arizona das alleinige Sorgerecht für Sofia zugestanden wird. Callie kommt mit dieser Entscheidung nicht zurecht und trennt sich zunächst von Penny, da sie Sofia nicht zurücklassen will. Sie und Arizona können sich auf einen Sorgerechtsplan einigen und Callie verlässt Seattle, um mit Penny in New York zusammen zu sein. Bailey setzt sich im Rennen um den Chefarztposten gegen ihre Konkurrentin durch. Wenig später ernennt sie Meredith zur Leiterin der Allgemeinchirurgie.
Nachdem Ben zum wiederholten mal auf eigene Faust Patienten behandelte und Anweisung nicht beachtet, sterben eine Patientin und ihr Baby. Aus diesem Grund entscheidet sich Miranda dafür, Ben für sechs Monate zu suspendieren, was einen Keil in ihre Beziehung treibt. Ben beginnt wieder als Anästhesist zu arbeiten. Als April in den Wehen liegt und das Baby per Notkaiserschnitt auf die Welt gebracht werden muss, kann Ben Mirandas Vertrauen in sich wiederherstellen, indem er das Baby gesund auf die Welt bringen kann. Mirandas Entscheidung, Nathan einzustellen, missfällt Owen sehr. Owen kennt Nathan von früher und macht ihn für das spurlose Verschwinden seiner Schwester Megan, die mit Nathan verlobt war, verantwortlich.
Owen vertraut sich diesbezüglich Meredith an, aber nicht Amelia, und so kommt es zu einem Streit zwischen den beiden Frauen. Rückfall, den sie aber schnell wieder unter Kontrolle bringen kann. Sie und Owen versöhnen sich zunächst.
Nach einem Abend, an dem sie Owen betrunken vorfindet, entscheidet Amelia, sich von ihm zu trennen, um ihre Genesung nicht zu gefährden. Sie versöhnt sich mit Meredith und zieht wieder bei ihr ein. Später versöhnen sie und Owen sich ebenfalls erneut und Amelia macht ihm einen Antrag, den er annimmt. Die beiden heiraten im Staffelfinale.
Maggie und Andrew DeLuca, einer der neuen Assistenzärzte, der zudem der neue Mitbewohner von Arizona wird, beginnen eine sexuelle Beziehung. Andrew leidet unter der Geheimhaltung, trennt sich aber von ihr kurz nachdem Maggie die Beziehung öffentlich gemacht hat. Später gesteht Maggie Meredith, dass sie sich in Nathan verliebt habe. Jackson und April lassen sich scheiden. Am selben Tag stellt April fest, dass sie schwanger ist. Catherine erfährt davon und möchte dies zu Jacksons Vorteil ausnutzen.
Nach einigen Missverständnissen schaffen die beiden es jedoch, sich zum Wohle des Babys wieder anzunähern. Schließlich bringt April ein gesundes Mädchen zur Welt. Alex macht Jo einen Heiratsantrag, diese lehnt ihn jedoch vorerst ab. Daraufhin zieht Alex vorübergehend bei Meredith ein.
Nachdem er sich mit Jo versöhnt hat, wohnen die beiden wieder zusammen. Als er sie erneut fragt, ob sie ihn heiraten möchte, antwortet sie, dass sie ihn nicht heiraten kann. Alex will sich daraufhin von ihr trennen. Es stellt sich heraus, dass Jo bereits verheiratet ist und sich vor ihrem gewalttätigen Mann versteckt, der sie finden würde, wenn sie die Scheidung einreicht. Stephanie kommt dem Musiker Kyle Diaz näher, der an einem Tremor leidet.
Als sie jedoch aufgrund dieser Beziehung von seiner chirurgischen Behandlung ausgeschlossen wird und damit nicht klar kommt, entscheidet sie sich für die Chirurgie und trennt sich von ihm. Nachdem er mit einer Hirnhautentzündung erneut eingeliefert wird, versöhnen die beiden sich, jedoch stirbt Kyle während der Operation. Alex attackiert Andrew DeLuca, als er ihn mit Jo in seiner Wohnung vorfindet und verletzt ihn dabei schwer.
Er stellt sich nach einigen Vertuschungsversuchen am selben Tag der Polizei und wird wegen schwerer Körperverletzung angeklagt. Jo und Alex trennen sich. Um Jo, die vor Gericht ihre wahre Identität preisgeben müsste, zu schützen, lässt Andrew schließlich die Anklage gegen Alex fallen. Alex kehrt daraufhin als Chirurg zurück. Andrew verliebt sich in Jo, doch als er ihr seine Gefühle gestehen will, weist sie ihn zurück. Alex macht Jos Ehemann, Dr. Paul Stadler, ausfindig und erfährt dabei ihren richtigen Namen: Brooke.
Nachdem Maggie ihr gestanden hat, in Nathan verliebt zu sein, versucht Meredith ihn trotz der gegenseitigen Anziehung von sich fernzuhalten. Nathan zeigt weiterhin großes Interesse an ihr und bittet sie mehrmals um ein Date, was sie ausschlägt. Als sie sich schließlich eingesteht, dass nicht Maggie der Grund für ihre Abwehrhaltung ist, sondern die Angst davor, Derek wirklich los zu lassen, werden sie und Nathan ein Paar. Maggie hat anfangs Schwierigkeiten damit, kann die Beziehung zwischen den beiden jedoch nach und nach akzeptieren. Nachdem Megan lebend gefunden worden ist, gibt Meredith Nathan frei.
Maggies Adoptivmutter erkrankt an Brustkrebs und stirbt schließlich im Grey Sloan Memorial, was Maggie in eine tiefe Krise stürzt, aus der ihr Meredith und Jackson helfen. Owen und Amelia versuchen ein Kind zu bekommen, doch nach dem ersten fehlgeschlagenen Versuch erkennt Amelia, dass sie den Tod ihres Sohnes noch nicht verarbeitet hat und nicht bereit ist, erneut schwanger zu werden. Schließlich verlässt sie ihn und meidet zunächst jegliche Konfrontation. Als Owen das Gespräch sucht, stellt er ihr ein Ultimatum, das letztlich zu ihrer Trennung führt. Owen erhält die Nachricht, dass Megan nach jahrelanger Gefangenschaft in einem von Rebellen besetzten Gebiet lebend gefunden worden ist.
Aufgrund der Entwicklungen um Alex und der Rückkehr von Leah Murphy als Assistenzärztin, entschließt sich Bailey auf Anraten Catherines zu einer Umstrukturierung des Ausbildungsprogramms. Hierfür stellt sie Dr. Eliza Minnick ein, wodurch Richard die Position als Ausbildungsleiter verliert. Meredith weigert sich, mit Eliza zusammenzuarbeiten, woraufhin sie kurzzeitig suspendiert und April übergangsweise zur Leiterin der Allgemeinchirurgie ernannt wird. Richard kann Meredith jedoch überreden, wieder ans Grey Sloan Memorial zurückzukehren.
Als Richard erfährt, dass Catherine hinter Baileys Entscheidung steht, distanziert er sich von ihr. Nach einer Weile können die beiden ihren Stolz jedoch überwinden und versöhnen sich. Nach ihrer Entlassung aus dem Krankenhaus zieht April mit ihrer Tochter Harriet zu Jackson, sodass die beiden sich gemeinsam um das Baby kümmern können. Während der Entwicklungen im Krankenhaus um Richard distanziert Jackson sich zunehmend von Catherine und April, denen er ihre Zustimmung gegenüber Elizas Ausbildungsprogramm übel nimmt.
Während eines Falls in Montana trifft er auf seinen Vater, der seine Familie schon früh verlassen hat. April unterstützt ihn dabei, sodass die beiden sich letztlich wieder annähern und miteinander schlafen. Als sie später den Eindruck gewinnt, dass Maggie Gefühle für Jackson hat, rät sie Maggie, Jackson davon zu erzählen.
